Duterte l-a acuzat pe oponentul și criticul său, senatorul Antonio Trillanes IV, că este homosexual, spunând că el însuși a fost „un pic gay” în timp ce era căsătorit cu Elizabeth Zimmerman, fosta sa nevastă. Mariajul celor doi a fost anulat în anul 2000.
El a declarat apoi că a fost „vindecat”, după ce a cunoscut-o pe actuala sa parteneră, Honeylet Avancena. „Am devenit din nou bărbat! Atât de multe femei frumoase m-au vindecat. Am ajuns să urăsc apoi bărbații atractivi. Acum prefer femeile frumoase”, a spus Rodrigo Duterte.
Duterte are o istorie în declarații controversate și jignitoare la adresa comunității gay. În 2016, președintele filipinez l-a numit pe ambasadorul american „un nenorocit gay”, într-un discurs. În martie 2017, Duterte a susținut că este împotriva căsătoriilor între persoanele de același sex și că recunoașterea mariajului dintre persoanele gay este inacceptabilă. Ulterior, el a declarat că drepturile celor din comunitatea LGBT vor fi protejate cât timp este le președinte.
„Nu va exista nicio formă de opresiune, vă recunoaștem importanța în societatea noastră”, a spus Rodrigo Duterte la o conferință LGBT.