De-a lungul timpului, companiile CFR au încheiat contracte dezavantajoase pentru stat, care s-au transformat în dosare penale.
GRUIA STOICA, patron Grampet - companie feroviară, a fost trimis în judecată de DNA după ce ar fi dat o mită de trei milioane de euro pentru a primi un contract de transport de o sută de milioane de euro de la Complexul Energetic Oltenia, în defavoarea CFR Marfă. Procesul este pe rolul instanțelor.
MIHAI NECOLAICIUC, zis „Țarul CFR”, fost director general al CFR, este judecat în patru dosare de corupție privind contracte păguboase încheiate cu firme private. El a fost condamnat definitiv, în primul dosar, la patru ani și șase luni de închisoare.
HASSAN și MEHDI AWDI, foștii patroni ai Rodipet, au fost acuzați că au delapidat și falimentat CFR Mesagerie. Cei doi au fost condamnați, în lipsă, în prima fază, la zece ani de închisoare cu executare.
ALEXANDRU NOAPTEȘ, fost director general al CFR-Călători, a fost trimis în judecat, alături de alți subordonați, pentru cumpărarea supraevaluată a unor locomotive, de la firmele Remarul și Activ Invest. Prejudiciul: 700.000 de euro. Toți acuzații au fost achitați.