Acolo a fost întemniţat alături de Apostolul Pavel, de la care a primit Sfântul Botez. După ce a scăpat din temniţă, Onisim a fost trimis de „Apostolul neamurilor” înapoi la Filimon având asupra sa cea mai scurtă epistolă cuprinsă în Sfânta Scriptură, către Filimon. Drept care stăpânul l-a primit pe fostul său sclav ca pe un frate şi l-a eliberat din robie.

Apoi, Onisim a fost numit, de Apostoli, episcop al Efesului, de unde, în timpul împăratului Traian, a fost arestat şi dus la Roma, fiind decapitat. O femeie bogată i-a luat trupul şi l-a aşezat într-o raclă de argint, înmormântându-l cu cinste la anul 90.