Regimul communist l-a ținut 16 ani în pușcărie, pentru vina că în perioada interbelică fusese bursier al fundației Rockefeller (la Harvard, Yale, Columbia, Duke), păstrând apoi legături strânse cu America.

După mai bine de șapte luni de anchetă, marele psiholog Nicolae Mărgineanu a fost condamnat la 25 de ani de închisoare din care a făcut 16.

A trecut prin închisorile Aiud, Jilava, Pitesti, Cluj şi Gherla. A suferit de frig şi de foame, de lipsa aerului şi a apei cu care să se spele, de lipsa medicamentelor şi a îngrijirilor medicale.

Pe 27 iunie 1964, Nicolae Mărgineanu a fost eliberat din închisoarea din Aiud. Nu a mai fost niciodată reintegrat în învăţământ. Abia a obţinut un post de documentarist la Biblioteca Academiei, Filiala Cluj.

În schimb, a fost invitat să predea, ca profesor asociat, la universităţile din Kőln, Bonn şi Hamburg.

S-a rugat lui Dumnezeu să-i mai dea de trăit încă 16 ani, adică atâţia cât a fost închis. Și a primit exact atât.

A murit în 13 iunie 1980, la Cluj. Se născuse în 1905.