Capul a fost luat de Sfânta Ioana, soția unui dregător al lui Irod, și îngropat la Ierusalim, într-un vas de lut, în muntele Eleon. Aceasta este socotită prima aflare a capului.

În vremea Sfinților Împărați Constantin și Elena, doi monahi descoperă capul și-l duc la Emesa, în Siria, în 453, aceasta fiind a doua aflare. În timpul iconoclasmului, capul lui Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost dus la Constantinopol de Sfântul Ignatie (860), aceasta fiind a treia aflare.