Tot ceea ce știm despre Sfântul Onufrie cel Mare se datorează mărturiei unui alt monah numit Pafnutie care l-a întâlnit pe marele ascet și i-a cunoscut viața și lucrarea.

Pafnutie, el însuși un monah îmbunătățit, dorind să cunoască mai bine tainele vieții de rugăciune în singurătate, și-a părăsit mânăstirea unde era monah și a mers în pustie.

Aici l-a întâlnit pe Sfântul Onufrie, un pustnic înfricoșător la vedere, acoperit doar cu părul bărbii sale lungi care cobora până la pământ. Speriindu-se la început, Pafnutie a cunoscut apoi bunătatea lui Onufrie și a aflat amănunte despre viața sa.

Onufrie se afla în deșert în singurătate aproape totală de șaptezeci de ani. Se hrănea cu plantele sărăcăcioase care creșteau în jur. Se odihnea în funcție de vreme pe coline, în văile dimprejurul său sau în peșteri.

Însă Onufrie nu se nevoise în pustie în toată perioada de când se lepădase de lume. La începutul viețuirii sale monahale a stat într-o mânăstire a Tebaidei, la Hermopolis. Aici, în viața de obște, a învățat pentru prima dată rigorile vieții monastice.

Dorind să urmeze exemplul Prorocului Ilie sau al Sfântului Ioan Botezătorul, Onufrie a hotărât să meargă spre adâncul pustiei pentru a se dedica nevoinței în singurătate.

Îndepărtându-se mult a dat peste o peșteră locuită de un pustnic numit Hermes, căruia i-a cerut să îl învețe cum se trăiește în pustie. După câteva zile de sfat, pustnicul a plecat împreună cu Onufrie să îi găsească loc de nevoință.

Ajungând într-un loc care i s-a părut potrivit, Hermes a mai stat aproape o lună cu Onufrie pentru a-i da ultimele povețe și apoi a plecat.

Îl vizita pe Onufrie o dată pe an, până când, la ultima vizită,  Hermes l-a anunțat că va trece la Domnul. Onufrie i-a îngropat cinstitul trup undeva în apropiere.

Pafnutie l-a întrebat pe Onufrie cum se împărtășește cu Sfintele Taine, iar acesta a răspuns că ele îi sunt aduse de un înger al Domnului.

Apoi l-a anunțat că viața i se apropie de sfârșit, iar motivul pentru care Pafnutie se afla acolo, împreună cu el, era să-i îngroape trupul. Ceea ce Pafnutie a și făcut.

Mai mult, Pafnutie ne-a transmis și viața minunată a Sfântului Onufrie cel Mare,

Antonie, arhiepiscopul Novgorodului, în cartea sa de pelerinaj, atestă faptul că în vremea sa, adică pe la anul 1200, o parte din sfintele moaște ale Sfântului Onufrie se aflau la Constantinopol în Biserica Sfântului Achindin.