Părinții săi, nobili păgâni, i-au dat o educație aleasă, urmând școli de știință și filosofie.

Către vârsta de 20 de ani, este înrolat cu forța în armata romană, unde întâlnește pentru prima dată creștini, și este uimit de tăria credinței.

Aflat în oastea lui Constantin cel Mare, participă bătălia de la Pons Milvius (312), când s-a arătat pe cer semnul Crucii.

După încheierea serviciului militar, merge în cetatea creștină Oxirinhos, din Tebaida de Sus, unde cunoaște învățătura Sfintelor Evanghelii și se botează în anul 314.

Apoi pleacă în pustie unde se nevoiește zece ani. Atunci, i se arată un înger îmbrăcat în rasă de schimonah care îi poruncește să înființeze o mănăstire cu viață de obște la Tabenisi.

Cum numărul ucenicilor crește de la o zi la alta, ajungând la 3000 în anul 348, este nevoit să mai ridice alte șase mănăstiri.

Trece la Domnul în 348, la vârsta de 55 de ani, fiind îngropat la prima manăstire pe care a ctitorit-o.

Sfântul Pahomie este considerat întemeietorul vieții monahale de obște. Tot lui i se atribuie și gestul metaniei (îngenunchere și ridicare cu semnul crucii).