Odată, când se întorcea de la Constantinopol la cetatea sa Gangra, o ceată de eretici novațieni l-au prins și l-au străpuns cu sulițele, rănindu-l grav, apoi l-au aruncat într-o prăpastie.

Pe când se chinuia, Ipatie se ruga lui Dumnezeu pentru iertarea ucigașilor lui, asemenea lui Iisus Hristos pe cruce.

Însă, o femeie, eretică a lui Arie, luând o piatră ascuțită, i-a zdrobit capul lăsându-l mort. În aceeași clipă, femeia a înnebunit,

Creștinii din Gangra, aflând vestea, au venit, au ridicat trupul Sfântului Ipatie și l-au îngropat cu cinste.

La mormântul său a fost adusă și femeia care îi zdrobise capul și înnebunise. Îndată ce a atins mormântul, ea s-a vindecat.