Marga continuă să susţină că nu a colaborat cu Securitatea deşi documentele trimise de CNSAS la dosarul de la Judecătoria Baia Mare, unde s-a judecat procesul pe care l-a pierdut, îl contrazic în mod flagrant. 

În stilul "nici usturoi nu a mâncat, nici gura nu îi miroase", Andrei Marga susţine că notele de la dosarul său de securitate, care îi sunt atribuite, sau documentele ofiţerilor de securitate, planurile de măsuri etc, sunt simple "fabricaţii". "Că se prezintă tot felul de fragmente, ţine de fabricaţii organizate. Nu am nici o legătură cu informările despre situaţia unei cercetătoare americane sau despre alte situaţii de acest fel. Sunt simple fabricaţii menite să lovească în cooperările mele internaţionale, care, desigur, nu sunt oarecare şi de care sunt mândru", scrie Marga pe blogul personal. 

Numele îi apare în clar

Fost ministru de externe, Andrei Marga neagă că a colaborat cu Securitatea comunistă dar nu explică câteva lucruri esenţiale, şi anume de ce numelui lui apare în clar într-un plan de măsuri întocmit de Securitatea Cluj, şi aprobat de şeful acestei structuri generalul maior Constantin Ioana. În acest plan de măsuri, se arată că Marga a fost racolat pentru a "lucra pe lângă acest obiectiv".

În alt document, o listă cu persoanele cu care lectorul american  Katherine Verdery, care era bursier la Cluj, a intrat în contact, apare şi numele lui Andrei Marga despre care se spune că este sursă a Serviciului 3 al Securităţii.

Toate aceste documente extrem de importantate, dar şi alte note informative, atribuite lui Marga, au fost trimise de Consiliul Naţional pentru Studierea Arhivelor fostei Securităţi, la dosarul de la Baia Mare, fiind probe în dosar. Cu toate acestea, Marga refuză să le pomenească sau să se refere la colaborarea cu structurile fostei Securităţi. "Am precizat şi precizez din nou că nu am dat informări Securităţii şi că nimeni nu mi le-a cerut. Cineva, din interese ce se cunosc, a plasat în rezoluţia CNSAS (contra uzanţelor, din câte spuneau membrii ai organismului!) insinuări fabricate că aş fi dat informări. Nu am făcut-o. De altfel, ceea ce mi se atribuie este aberant (că aş fi relatat ce discutam cu oaspeţii străini, acasă la mine, sau cu vizitatori ocazionali, în vreme ce apartamentul meu era sub supraveghere!). Nu s-a făcut vreo expertizare a acelor fabricaţii. Nu a avut loc vreo discuţie spre a lămuri lucrurile", susţine Marga, pe blogul personal. 

Contraatac la cel care l-a de denunţat

Profesorul Costel Sârbu cel care l-a deconspirat pe Marga a declarat pentru EvZ că este şocat de tupeul pe care fostul ministru şi rector al Universităţii Babeş Bolyai îl are. "Eu am dat un interviu pentru Evenimentul Zilei, în care am spus ceea ce ştiam de la un fost ofiţer de securitate, şi anume că domnul Andrei Marga a fost racolat de serviciul de contraspionaj al Securităţii. Abia apoi, în timpul, procesului pe care mi l-a intentat, CNSAS a trimis documente incendiare, din care rezultă că tot ce am afirmat a fost adevărat. Acum, sunt stupefiat de modul în care domnul Marga mă atacă la persoană şi spune despre mine diferite lucruri neadevărate, la doar câteva zile după ce am câştigat procesul, pe care chiar domnia sa mi l-a intentat", a spus profesorul Sârbu.