Trupul a fost exhumat în martie, la împlinirea a 40 de ani de la moartea părintelui, iar martorii oculari au precizat că este bine păstrat. Părintele şi-a câştigat popularitatea datorită stigmatelor care i-ar fi apărut în timpul vieţii, iar unii credincioşi au apreciat chiar că Pio putea să prevadă viitorul. Mai mulţi critici l-au denunţat însă ca impostor, un istoric a apreciat că ar fi folosit acid pentru a-şi produce singur stigmatele, iar Vaticanul însuşi a cântărit ani în şir decizia canonizării.