Unii cercetători spun că otrava nu l-a afectat pentru că nu a fost folosită o doză suficientă, alții că Rasputin nu ar fi mâncat prăjiturile otrăvite pe care i le-a oferit Yussupov, dat fiind că nu se atingea de dulciuri și de carne, după cum spune fiica sa Maria. De altfel, raportul medico-legal arată că nu otrava, ci înecul a fost cauza morții lui Rasputin. Alte rapoarte ulyrtioare vorbesc de un glonț, dar nici în privința ucigașului istoricii nu sunt siguri. 

Unii cred că glonțul fatal ar fi fost tras de nu de Yussupov, ci de vărul țarului, alții de deputatul Vladimir
Purishkevich, un alt membru al complotului. În sfârșit, o a treia variantă spune că adevăratul asasin este un ofițer englez, care avea ordin să-l elimine pe Rasputin din cauza insistenței cu care acesta cerea retragerea
trupelor de pe front și înlocuirea miniștrilor anglofili.

Dar un mister chiar mai mare decât moartea lui Rasputin este scrisoarea-testament pe care se pare că ar fi adresat-o țarului cu puțin timp înaintea morții. Documentul a apărut prima oară în anii 20, în memoriile lui Aron Simonovich, un confident al lui Rasputin. Simonovich susține că scrisoarea i-ar fi parvenit după tragica moarte a familiei imperiale. Dacă documentul este într-adevăr autentic, el este de-a dreptul profetic, atât pentru destinul lui Rasputin, cât și pentru soarta dinastiei Romanov și a Rusiei. „Simt că viața mea se va termina înainte de 1 ianuarie (1917 n.r.). De aceea, aș vrea ca poporul rus, Tătuca (Țarul n.r. ), Mama Rusiei (Țarina) și copiii (moștenitorii Țarului) să știe (…) dacă vreuna dintre rudele voastre îmi va da moartea, atunci niciunul dintre copiii voștri nu va mai rămâne în viață mai mult de doi ani. Vor fi uciși de poporul rus. Și, chiar dacă vor rămâne, se vor ruga să li se ia viața, pentru că vor vedea înfrângerea Rusiei, vor vedea venirea Antihristului, plăgile, sărăcia și distrugerea bisericilor.”

A reușit Rasputin, într-adevăr, să-și vadă moartea, execuția Romanovilor și triumful comunismului? E greu de spus. Cel mai probabil, scrisoarea  fost redactată cu puțin timp înainte de publicarea memoriilor lui Simonovich, adică după execuția Romanovilor și după Revoluția din Octombrie.