Actriţa, în vârstă de 51 de ani, şi iubita ei, Alexandra Hedison, de profesie fotograf, şi-au unit destinele după câţiva ani de relaţie. Cele două au fost foarte discrete şi nu au dezvăluit picanterii despre viaţa lor intimă.

Soţia lui Jodie Foster a fost şi iubita moderatoarei Ellen DeGeneres, cu care a avut o relaţie din 2001 până în 2004 şi este atât fotografă, cât şi actriţă.

Jodie Foster a fost căsătorită cu Cydney Bernardm, iar împreună au doi fii, Charles, în vârstă de 15 ani, şi Kit, în vârstă de 12 ani, foarte rar văzuţi în public.