Blatter este ales pentru a treia oara conducator al FIFA, primul mandat obtinandu-l in 1998, cand l-a avut contracandidat pe suedezul Lennart Johansson, fostul presedinte al UEFA. La urmatoarele alegeri, in 2002, elvetianul l-a invins pe camerunezul Issa Hayatou, presedintele Confederatiei Africane de Fotbal.