Tribunalul Municipiului Bucureşti a înregistrat, la 8 ianuarie 1990, prima cerere de înscriere a unui partid, aceea a Partidului Naţional Ţărănesc Creştin Democrat, noua titulatură a PNŢ, pusă în acord cu apartenenţa la Internaţionala Creştin Democrată. Corneliu Coposu a devenit preşedinte al PNŢCD.
Prima acţiune politică de reactivare a PNŢ a fost lansarea manifestului „Apel către ţară” în 22 decembrie 1989, semnat, printre alţii, de Corneliu Coposu, Ion Diaconescu şi Niculae Ionescu Galbeni. Ulterior, s-a adoptat o declaraţie programatică în care se preciza că instaurarea democraţiei, a unei economii libere şi a libertăţii religioase reprezentau principalele obiective ale partidului.
În perspectiva alegerilor din 1990, Delegaţia Permanentă a partidului, întrunită la 6 aprilie 1990, a desemnat pe Ion Raţiu drept candidat la preşedinţia ţării. Câteva zile mai târziu, PNŢCD, PNL şi PSDR au dat o declaraţie comună prin care anunţau că vor colabora şi se vor sprijini reciproc în alegeri.
La alegerile parlamentare şi prezidenţiale din 20 mai 1990, PNŢCD a obţinut 2,56% din voturile pentru Adunarea Deputaţilor şi 2,50% din voturile pentru Senat (12 mandate de deputat şi unul de senator). Candidatul la preşedinţie al partidului, Ion Raţiu, a obţinut 617.007 voturi (4,29%).
În vara lui 1990, s-au reînfiinţat Departamentele de studii, doctrine şi programe ale partidului, coordonate de profesorul Gabriel Ţepelea, membru de onoare al Academiei Române, în cadrul cărora s-au publicat peste 200 de volume cu carater programatic, doctrinar şi istoric (subliniem traducerea „O Europă şi cealaltă” a lui Wilfied Martens, „Libertate sub semnul răspunderii – doctrina creştin-democrată germană”,„Iuliu Maniu în faţa istoriei”, „Ion Mihalache în faţa istoriei”, „Corneliu Coposu în faţa istoriei” etc.).
La iniţiativa lui Corneliu Coposu, PNŢCD a constituit la 15 decembrie 1990, alături de PNL, PSDR, UDMR şi PER, Convenţia Naţională pentru Instaurarea Democraţiei (CNID), ale cărei obiective erau instaurarea democraţiei, adevărului, toleranţei, armoniei sociale, patriotismului autentic.
Primul Congres al PNŢCD (25–27 septembrie 1991) a adoptat Statutul şi Programul şi a desemnat conducerea. Preşedinte al partidului a fost ales Corneliu Coposu, prim-vicepreşedinte Ion Diaconescu, secretar general Valentin Gabrielescu, vicepreşedinţi Ion Raţiu, Gabriel Ţepelea, Cicerone Ioniţoiu, Ioan Bărbuş, Şerban Ghica.
La scurt timp după acest Congres, la 26 noiembrie 1991, PNŢCD a constituit, alături de formaţiunile membre ale CNID şi de formaţiunile civice din Forumul Democratic Antitotalitar, Convenţia Democratică din România (CDR), alianţă ce viza cucerirea puterii printr-o strategie comună la viitoarele alegeri locale şi legislative, prin participarea pe liste comune. PNŢCD s-a dovedit, în timp, componenta cea mai constantă a CDR, participând pe listele acestei alianţe la toate alegerile locale şi parlamentare până în 2004 (PNL şi UDMR s-au retras în 1992; PNL a revenit în CDR înaintea alegerilor din anul 1996, dar s-a retras din nou în 2000).
La alegerile legislative din 27 septembrie 1992, ca urmare a rezultatelor obţinute de CDR (peste 20%), PNŢCD a trimis în Parlament 41 deputaţi şi 21 senatori, devenind cel mai puternic partid din opoziţie.