Sfântul Emilian a suferit martiriul în timpul persecuției dezlănțuite de împăratul roman Iulian (361-363), supranumit "Apostatul", nepot pe linie paternă al Sfântului Împărat Constantin cel Mare.

În timpul domniei lui a încercat să readucă Imperiul Roman de la creștinism la păgânism, de unde și denumirea de "Apostatul". Domnia lui a fost scurtă datorită morții sale survenite în timpul bătăliei de la Ctesiphon (Persia), în iunie 363.
După ce a preluat conducerea imperiului, Iulian a încercat restaurarea credințelor și a practicilor păgâne, luând măsuri de persecutare a creștinismului. Astfel, la conducerea armatei și a marilor unități administrative au fost instalați funcționari păgâni. Aceștia aveau misiunea să reintroducă vechile practici, să refacă templele și să le redea cultului.
În acea vreme, la Durostor a avut loc o ceremonie la care au fost aduse jertfe tuturor zeilor. Guvernatorul, bucurându-se că locuitorii îi cinstesc pe zei în toate zilele, a poruncit să fie chemați la masă toți mai-marii cetății.
Văzând această sărbătoare păgână, Emilian, locuitor al cetății, a răsturnat cu mâinile sale toți idolii care se găseau acolo, a spart vasele și a doborât altarele tuturor zeilor din Durostorum. Guvernatorul a poruncit ca Emilian să fie închis.

Fiind supus la chinuri pentru a-și lepăda credința, Emilian și-a mărturisit cu îndrăzneală credința în Hristos, nedorind să aducă jertfe zeilor. Pentru aceasta, a fost bătut cumplit, iar în cele din urmă a fost aruncat în foc.

Astfel a pătimit Emilian ca martir pentru Hristos, în anul 362.