Au rămas foarte puține date biografice despre Morgan. Se presupune că tatăl său, Robert Morgan, era un agricultor galez din Penkarne, comitatul Monmouthshire, iar mama lui, Anna Petronella, din Polnitz ar fi de origine germană, far aceste informații nu sunt dovedite cu documente, ci transmise pec ale orală.

Legenda spune că Morgan a fost un strateg iscusit, însă un marinar nepriceput. Cu toate că sub conducerea lui personal, pe mare, pirații n-au obținut nici o victorie semnificativă, el a fost unul dintre cei mai temuți pirați din Marea Caraibilor. Din anul 1665, „Henry Morgan a întreprins, din Jamaica, acțiuni piraterești contra corăbiilor spaniole care navigau în Golful Mexic și Marea Caraibilor.

Mai inteligent ca ceilalți tovarăși de breaslă, el nu și-a cheltuit în partea sa din pradă la chefuri cu femei. Astfel, în scurt timp el ajunge să ajungă în posesia unui document englez numit „Letter of marque”, care îi legaliza acțiunea de prădare a corăbiile spaniole. De vine astfel un corsar authentic.

În iulie 1668, Morgan ajunge să aibă sub comanda sa circa 500 de pirați cu care a prădat orașul Portobelo, acțiune care probabil a fost comandată de Sir Thomas Modyford, guvernatorul insulei Jamaica.

Conform documentelor vremii pirații au suferit pierderi mici, iar valoarea prăzii a fost imensă, la care s-a adăugat suma de răscumpărare a ostaticilor. În același an el și pirații săi prădează orașul Santa Maria del Puerto Pri­ncipe din Cuba.

Iar în primăvara anului 1669, a prădat orașul Maracaibo din actuala Venezuelă. Dar una dintre cele mai importante acțiuni ale lui a fost cucerirea istmului Panama în anul 1671. În acest timp flota comandată de Morgan avea 36 de corăbii cu un echipaj de 1.800 de pirați. La reîntoarcerea lui în Jamaica, Morgen a fost arestat de guvernator, deoarece între timp Anglia a încheiat cu Spania un tratat pace. Nu se știe exact dacă a fost spânzurat, ca un pirat ce era sau a fost doar „legendat” de autoritățile engleze.

Morgan a rămas însă cunoscut pentru că a fost preocupat de întocmirea unui Codex al piraților care poate fi găsit în „Archivo General de Indias” în Sevilla, Spania. Acest codex a fost transcris medicul lui Morgan. De exemplu dacă un pirat pierdea într-o luptă brațul drept primea 600 de piaștri sau cinci sclavi. Pe acel timp cu doi piaștri se putea cumpăra o vacă. La fel era precizată în actul normativ o formă democratică de alegere a unui căpitan ca și împărțirea prăzii.

Astăzi, numele său poartă numele unui cunoscute mărci de rom.