Arătând dragoste pentru carte, a avut dascăli iscusiţi la şcolile Despotatului din Mistra, care i-au dat o învăţătură aleasă dar l-au povăţuit şi pe căile slujirii lui Dumnezeu.

După moartea tatălui său, alege calea vieţii monahale, plecând în ascultare la pustnicul Antonie din Epidaur, apoi la dascălul său, ieromonahul athonit Zaharia, care l-a călugărit cu numele Nifon, ce în limba greacă înseamnă: cel ce veghează.

Împreună cu acesta, din pricina tulburărilor iscate de Sinodul unionist de la Ferrara-Florenţa (1438-1439), Nifon pleacă din Grecia în Albania, unde este hirotonit ieromonah, iar, după cucerirea țării de către turci, stă o vreme la Mănăstirea Maicii Domnului din Ohrida.

După moartea îndrumătorului său, pleacă la Muntele Athos.

Cercetând mai multe mănăstiri, schituri, peşteri şi chilii pustniceşti, se așază în cele din urmă la Mănăstirea Dionisiu, unde se ostenește multă vreme în ascultare, dedicându-se rugăciunii inimii.

Aflând de evlavia şi de înţelepciunea lui, clerul şi credincioşii din Tesalonic îl aleg mitropolit în anul 1483.

Păstorește cu vrednicie, întărondu-i pe credincioşii săi, tulburaţi de zvonurile falsei uniri cu Biserica latină.

În 1484, mitropolitul Nifon ia parte la un sinod care condamnă hotărârile de la Ferrara-Florenţa.

În 1486, Sfântul Nifon este ales patriarh al Constantinopolului.

Cum vremurile erau foarte grele –de la cucerirea Constantinopolului (1453), turcii se amestecau necontenit în treburile Bisericii Ortodoxe – şi păstoria Sfântului Nifon a fost zbuciumată. Este alungat din scaun, apoi iarăşi chemat, la cererea credincioşilor, iar în anul 1498 este surghiunit la Adrianopol.

Aici îl descoperă voievodul Ţării Româneşti, Radu cel Mare (1495-1508), în anul 1503, pe când se întorcea de la Constantinopol spre ţară, şi îl convinge să vină să pună rânduială în Biserica Ţării Româneşti.

Nifon vine la Târgovişte, însoţit de cei doi ucenici ai săi, Macarie şi Ioasaf (care, fiind mai târziu martirizaţi de păgâni, sunt şi ei cinstiţi în rândul Sfinţilor).

Îndată ce ajunge în Ţara Românească, Sfântul Ierarh Nifon adună în sobor pe egumenii şi boierii ţării.

Atunci este întemeiată Episcopia de la Râmnic şi cea de la Buzău. De asemenea, îngrijește de apărarea credinţei ortodoxe şi de bunul mers al vieţii monahale.

În Ţara Românească are ca fiu duhovnicesc pe Neagoe Basarab, cel ce avea să devină domnitor în 1512.

Nu trece mult, însă, şi Sfântul Nifon nu se mai poate bucura de buna rânduială pe care o pusese în Biserica Ţării Româneşti, deoarece domnitorul Radu cel Mare săvârșește o nelegiuire, căsătorind pe o soră a sa cu un boier moldovean, numit Bogdan, care avea în Moldova, soţie şi copii. Sfântul Nifon, neputând acceoa o asemenea căsătorie, rămâne neînduplecat la rugăminţile voievodului.

Pleacă din Ţara Românească împreună cu cei doi ucenici ai săi, mergând întâi în Bitolia Macedoniei, iar de acolo la Sfântul Munte, aşezându-se la Mănăstirea Vatoped.

După moartea mucenicească a ucenicului său Macarie (14 septembrie 1507), Sfântul Nifon se stabilește la Mănăstirea Dionisiu, unde, prorocește pătimirea pentru Hristos a celuilalt ucenic al său, Ioasaf († 26 octombrie 1516), după care își dă sufletul în mâinile lui Dumnezeu, la 11 august 1508.

Peste şapte ani, Sfântul Voievod Neagoe Basarab (1512-1521), noul domn al Ţării Româneşti, trimite pe boierii săi la Mănăstirea Dionisiu şi, cu încuviinţarea monahilor de acolo, ia moaştele Sfântului Nifon, le pune într-un sicriu de lemn şi le aduce în ţară cu mare alai.

Apoi, le așază deasupra mormântului lui Radu cel Mare, de la Mănăstirea Dealu, ctitoria acestuia, ca, astfel, Sfântul să ierte greşeala răposatului domnitor.

Iată cum descrie Gavriil Protul acest episod în lucrarea despre viața Sfântului Nifon:

„Au dus, apoi, sicriul și l-au pus deasupra mormântului lui Radu Vodă, rugându-se toată noaptea, împreuna cu Neagoe Vodă, Sfinției Sale pentru iertarea păcatului lui Radu Vodă, care fără dreptate a lepădat pre Sfântul de la sine și l-a gonit din țară. Și – mare minune! – spre sfârșitul utreniei, vrând Dumnezeu să arate aievea iertarea păcatului lui Radu Vodă și a altora, care făcuseră nevoie și scarba Sfântului, a văzut singur Neagoe Vodă descoperire ca aceasta de la Dumnezeu: s-au rupt scoabele cele de fier și acoperământul mormântului lui Radu Vodă si degrabă s-au desfăcut marmurile, iar dinlăuntrul s-a ivit trupul lui Radu groaznic și întunecat, plin de puroi și de putoare. S-a deschis și sicriul Sfântului Nifon și a izvorat de la Sfântul izvor de apă, care a spălat tot trupul lui Radu Vodă, arătându-l luminat. Apoi toate încuietorile și pietrele singure s-au închis și s-au arătat lui Neagoe și a făcut mare mulțumire“.

Sfântul Voievod Neagoe Basarab rânduiește ca moaştele Ierarhului să fie puse într-o raclă de argint, poleită cu aur şi pietre scumpe, şi să fie duse înapoi la Sfântul Munte.

Însă, părinţii din acea mănăstire, văzând adânca evlavie a Voievodului, îi dăruiesc capul Sfântului Nifon şi o mână.

Zidind Neagoe Basarab biserica de la Curtea de Argeş, în anul 1517, aceasta este sfinţită de patriarhul Teolipt al Constantinopolului, care săvârșește slujba de trecere în rândul Sfinţilor a lui Nifon.

Moaştele lui au fost aşezate la Curtea de Argeș, iar din anul 1949 se află în Catedrala Mitropolitană din Craiova.