Rădăcinile spirituale ale Mânăstirii Celic-Dere sunt înfipte în pământul şi în trecutul Dobrogei, poartă a creştinătăţii şi a monahismului străromân sau daco-roman.
Astăzi se ştie că moaştele cele mai vechi de mărturisitori din Sciţia Mică datează din secolul al III-lea d.H., primele sihăstrii şi aşezări călugăreşti fiind întemeiate un secol mai târziu. După descoperirea criptei martirilor creştini de la Niculiţel, în 1971, preotul profesor Ioan G. Coman scria că localitatea în care au fost găsite reprezintă „o zonă sacră aflată în triunghiul mânăstiresc cu unghiurile în sfintele mânăstiri Cocoş, Celic-Dere şi Saon”.
Vechimea de aproape 200 de ani a Mânăstirii Celic-Dere evocă o epocă grea pentru creştinismul dobrogean, cuprinsă între anii 1417 şi 1878. După încetarea persecuţiilor, dar mai ales după ridicarea acestei religii la rang de religie de stat în Imperiul Bizantin, viaţa bisericească a prosperat pe pământul dintre Dunăre şi Mare devenit leagănul călugărilor sciţi şi spaţiul pastoral al câtorva străluciţi teologi şi ierarhi. Însă în anul 602 Sciţia Mică a fost invadată de popoarele migratoare, astfel încât scaunul chiriarhal de la Tomis şi-a încetat existenţa, reluată abia spre sfârşitul primului mileniu creştin, când provincia reintră între hotarele Bizanţului, organizată administrativ ca Paradunavon (Ducatul de lângă Dunăre). Însă în 1417, penultimul an al domniei lui Mircea cel Bătrân, Dobrogea cade sub stăpânire otomană, pentru locuitorii săi creştini, în majoritate români, urmând o perioadă dificilă, cu durată de aproape o jumătate de mileniu. Însă şi în aceste condiţii viaţa bisericească va continua să existe atât la nivel ierarhic, sub jurisdicţia Constantinopolului, cât şi – mai ales – al poporului credincios.
De la sfârşitul acelei epoci datează şi întemeierea Mânăstirii Celic-Dere, pare-se pe locul unei sihăstrii, mai precis din anul 1841, când monahul Atanasie Lisavenco, trecut pe la Athos, o înfiinţează la opt ani după ce trei călugări români sosiţi de la Athos puseseră început Mânăstirii Cocoş, aflată în apropiere. În 1847 ia fiinţă la Celic şi o obşte de călugăriţe, în cea mai mare parte rusoaice sau lipovence. Peste câteva decenii, în anul 1881, cel dintâi episcop al Dobrogei realipite României, Iosif Gheorghian, îi strămută pe călugări la Saon, la o distanţă de câţiva kilometri, maicile rămânând stăpâne de acum pe vatra monahală a Celicului.