Clasificarea universităţilor a fost începută de Funeriu şi, conform legii, trebuie continuată de noul ministru.
Ecaterina Andronescu, duşman declarat al reformei lui Daniel Funeriu, susţine că fostul ministru a făcut ilegal clasificarea universităţilor. Drept dovadă, susţine ea, stă faptul că din ministerul pe care îl conduce lipsesc documente oficiale privind acest procedeu. Fără aceste acte, spune ea, instituţia nu se poate apăra în procesul intentat de Universitatea "Ştefan cel Mare" din Suceava, nemulţumită că în urma clasificării a fost încadrată în ultima categorie. "Noi eram o universitate peste mijloc şi am ajuns pe ultimele locuri, deşi avem programe de studiu mai bune decât multe universităţi aflate în categorie mai bună", justifică rectorul Valentin Popa acţionarea în instanţă. Universitatea a cerut ministerului şi plata a 4,6 milioane de lei, considerat prejudiciu adus de clasificare. O altă acuzaţie gravă adusă de Ecaterina Andronescu este că Asociaţia Universităţilor Europene (EUA) nu a participat la această clasificare. Pe site-ul asociaţiei însă, www. eua.be, există o serie de ştiri în care sunt anunţate toate demersurile făcute de EUA pentru realizarea acestei clasificări şi în care se precizează că asociaţia sprijină "implementarea reformei în învăţământul superior din România". Funeriu: "E o agendă ascunsă" Aşa cum arată rapoartele de pe site- ul asociaţiei, specialiştii acesteia au venit de câteva ori în România, au discutat cu reprezentanţi ai Ministerului Educaţiei, cu rectori, reprezentanţi ai studenţilor şi alţi actori implicaţi în procesul educaţional. Deşi la fiecare întâlnire a fost invitată şi Ecaterina Andronescu, pe atunci rector al Politehnicii Bucureşti, ea nu a fost prezentă niciodată la discuţii. Daniel Funeriu, ministrul care a iniţiat clasificarea, spune că tot ceea ce s-a făcut pentru realizarea acesteia a fost legal. "În acest proces au fost implicate sute de persoane şi toate procedurile au fost de o legalitate şi transparenţă exemplare. În baza legii a fost emisă o HG şi o serie de ordine de ministru care sunt fie în Monitorul Oficial, fie pe siteul ministerului. Ministerul a câştigat toate acţiunile în instanţă impotriva clasificării, iar unele universităţi au intervenit în procese în favoarea ministerului. Doar o agendă ascunsă poate justifica ceea ce am citit în presă", spune Funeriu. Andronescu susţine că niciun organism extern nu a fost implicat în clasificare, însă dovezile o contrazic