Senatorul PNL Radu Stroe a fost unul dintre cei mai activi lideri liberali în conflictul cu Traian Băsescu pe domeniul securităţii naţionale.
Conflictul dintre cei doi a izbucnit la şedinţa CSAT din 13 februarie 2006, când Stroe, invitat în calitate de preşedinte al Comisiei SRI, a reclamat faptul că serviciile secrete primesc prea multe puteri. Proiectele prevedeau inclusiv „iertarea“ agenţilor care produc victime în timpul misiunilor, dar şi dreptul serviciilor secrete de a desfăş ura acte premergătoare urmăririi penale. Conflictul a escaladat după ce preşedintele Traian Băsescu a trimis proiectele la parlament, cu ştampila „strict secret“.
Pe 14 martie 2006, Comisia de control SRI, condusă de Radu Stroe, a decis arhivarea pachetului de lege privind securitatea naţională, pe motiv că CSAT nu are calitatea de iniţiator de legi. Ulterior, liberalii au elaborat propriul pachet de legi în domeniu. Un alt episod al disputei dintre Băsescu şi Stroe s-a desfăşurat în paginile ziarului „Gazeta de Maramureş“.
Într-un interviu publicat pe 13 martie 2006, întrebat cum îşi explică „încrâncenarea“ cu care Stroe îl atacă, preşedintele declară despre fostul său coleg de la Institutul de Marină din Constanţa: „El a rămas tot un ofiţer III inapt medical, iar eu am ajuns comandant pe nava-amiral a României. E un handicap între un inapt medical şi un comandant de navă. Rămân complexele tinereţii“. Bileţelul şefului statului
În mai 2006, Stroe a devenit ministru delegat pentru coordonarea Secretariatului General al Guvernului. La ceremonia de depunere a jurământului, Radu Stroe a primit un bilet din partea lui Băsescu. Conţinutul biletului a fost dezvăluit pe 15 ianuarie 2007. Biletul conţinea un fragment din stenograma primei şedinţe CSAT în care au fost discutate Legile securităţii. La acea vreme, Stroe l-a acuzat pe Băsescu că a scos din context un fragment al discuţiilor pentru a acredita ideea că a vrut să fie păstrat secretul asupra pachetului legislativ.