Mai multe organizaţii non-guvernamentale, printre care şi fundaţii care militează pentru drepturile familiilor, dar şi asociaţii ale meşterilor populari, îşi manifestă îngrijorarea faţă de atacurile împotriva predării religiei în şcoli.
Un număr de 18 ONG-uri au trimis o scrisoare către ministrul Educaţiei, Ecaterina Andronescu, în care atrag atenţia asupra atacurilor "ateilor militanţi Mircea Toma şi Emil Moise" împotriva predării religiei în şcoli, "atacuri camuflate sub diverse motive umaniste". Reprezentanţii societăţii civile consideră că "grija faţă de sănătatea psihică a elevilor este o diversiune a unor grupări care urmăresc marginalizarea actului de credinţă în societate şi o agendă seculară agresivă". "Stimată Doamnă Ministru Ecaterina Andronescu, (...)De ani buni, la fiecare debut de an şcolar, aceste organizaţii, care, deşi nu au reprezentativitate reală, se pretind a fi reprezentanţi ai societăţii civile, încearcă pe toate căile posibile nu numai eliminarea simbolurilor religioase din şcoli, ci şi eliminarea predării religiei, în paralel cu promovarea secularismului agresiv şi a unei pretinse "toleranţe" faţă de anumite categorii "discriminate" religios", atrag atenţia reprezentanţii ONG-urilor. Despre noua solicitare de modificare a manualelor de religie, spun că "este o altă diversiune", ce are ca scop scoaterea materiei din curricula şcolară. "Întrucât nu au reuşit să obţină modificarea legii în sensul dorit (eliminarea orei de religie), secular-ateiştii urmăresc să facă practic inutilă predarea acestei materii prin transformarea cursului de religie într-unul de istorie călduţă, din care să fie scoase referirile la sistemul de valori tradiţionale, moral-religioase. Cei în cauză îşi motivează acţiunile prin pretinsa grijă faţă de copiii îndoctrinaţi cu o "religie intolerantă şi agresivă", însă ei înşişi promovează o agendă ideologică agresivă şi realmente intolerantă la adresa persoanelor cu convingeri moral-religioase". Semnatarii scrisorii contestă şi modul în care se încearcă intimidarea directorilor şcolilor. "Am aflat, de asemenea, cu stupoare despre o tentativă, de inspiraţie bolşevică, de intimidare a directorilor de şcoli, ameninţaţi cu plângeri penale pentru vini închipuite privind modalitatea de organizare a orelor de religie. Dorim să vă informăm şi vă rugăm să transmiteţi celor vizaţi că vă oferim asistenţă juridică gratuită prin juriştii şi avocaţii noştri. De altfel, vă reamintim că în urmă cu 6 ani am avut o astfel de colaborare de succes. Atunci a avut loc o încercare de îndepărtare a simbolurilor religioase din şcoli, coordonată de aceleaşi persoane, cu sprijinul unei instituţii a statului (Consiliul Naţional pentru Combaterea Discriminării). Spre meritul comun, ministerul pe care îl conduceţi şi organizaţiile noastre au reuşit contracararea în instanţă a acestui atac". Printre semnatarii acestei scrisori se numără Asociaţia Provita, Alianţa Familiilor din România, dar şi Asociaţia Meşterilor Populari din Bucovina şi Asociaţia "Artă şi Tradiţii Meşteşugăreşti" din Alba.